El centro de Nutrición Infantil ubicado en El Alto se encarga principalmente de tratar y prevenir la desnutrición. El centro ha implantado un modelo de consulta integral que combina una elevada calidad técnica y humana. En función de la gravedad de su estado nutricional, los niños son hospitalizados durante un periodo que puede oscilar entre los 30 y los 100 días. Cada año se atiende a más de 120 niños internados de manera gratuita.
Por otra parte, el Centro realiza controles ambulatorios e informes nutricionales de niños tanto en sus instalaciones, como externamente, sobre todo en hogares de acogida respaldadas por instituciones públicas, organizaciones católicas u otras ONGs.